پیش از امپراطورها و سلطنت، پیش از سفالگری و نوشتن، پیش از ابزار فلزی و اسلحه‌ها — پنیر بود. ۸٫۰۰۰ سال قبل، اولین کشاورزان دوران نوسنگی که در هلال حاصل‌خیز می‌زیستند میراث پنیرسازی را آغاز کردند که تقریباً هم قدمت خود تمدن است. ظهور زراعت منجر به بزها و گوسفندان اهلی شد، که کشاورزان باستانی در پی شیرشان بودند. اما وقتی در شرایط گرم برای ساعتها ماند، آن شیر گرم رو به ترش شدن گذاشت. لاکتیک اسیدش باعث شد پروتئین‌ها ماسیده شده، قلمبه‌های نرمی را شکل دهند. با کشف این دگردیسی غریب، کشاورزان آب باقیمانده را گرفتند– که بعدا اسمش شد وی — و پی بردند که آن گردی‌های زرد رنگ را می‌شد بعنوان یک خوراکی تازه، نرم و مالیدنی خورد. این قلمبه‌ها یا دلمه‌های شیر اجزای تشکیل‌دهنده پنیر‌اند که در نهایت بعد از کهنه و فشرده شدن، رسیده و به یکی از فراورده‌های متنوع و خوشمزه لبنی تبدیل می‌شود.
اکتشاف پنیر به مردم دوره نوسنگی مزیت بقای عظیمی را داد. شیر سرشار از پروتئین‌های ضروری، چربی و مواد معدنی بود. اما مقادیر بالایی از لاکتوز را هم شامل می‌شد — قندی که برای بسیاری از معده‌های کهن و مدرن هضمش مشکل است. پنیر، بهرهحال می‌تواند همه مزایای شیر را با لاکتوز کمتری داشته باشد. و چون می‌تواند ذخیره و نگهداری شود، این مواد مغذی ضروری را می‌توان طی زمستا‌ن‌های طولانی و خشکسالی‌های توام با قحطی خورد. برخی تکه‌های بجامانده سفالینه از ۷٫۰۰۰ سال پیش یاف شده در ترکیه هنوز حاوی ته‌مانده‌هایی از پنیر و کره‌ای است که در آن‌ها نگه می‌داشتند. در انتهای دوره برنزی، پنیر کالایی استاندارد در تجارت دریایی در سراسر مدیترانه غربی بود.
در شهر- کشور‌های پر ازدحام بین‌النهرین، پنیر محصول پرمصرف آشپزی و زندگی مذهبی شد. برخی از نخستین نوشته‌های موثق دربرگیرنده اسناد اجرایی از سهمیه‌های پنیر است، با فهرست کردن انواع پنیر برای جمعیت‌ها و آیین‌های مختلف در سرتاسر بین‌النهرین. نوشته‌ها از تمدن‌های مجاور در ترکیه نیز به مایه پنیر اشاره دارند. این فراورده حیوانی، که در شکم پستاندارنی خاص تولید می‌شد، انعقاد را سریعتر و تنظیم می‌کند. سرانجام این ابزار پیچیده پنیرسازی در کل جهان پخش شد، منجر به تولید انواع گسترده پنیر‌های سخت‌تر جدیدی شد. و گرچه برخی فرهنگ‌های خوراکی محتاط خوشمزگی پنیر را پس زدند خیلی‌ها آن را پذیرفتند و سریعتر به طعم‌های بومی خود افزودند.
مغولها از شیر گاو تبتی برای تولید پنیر سخت و در آفتاب خشک شده بواسلاگ استفاده می‌کردند. مصریان عاشق پنیر کاتج شیر بز، آب‌پنیر را با حصیر‌هایی از می‌چلاندند. در جنوب آسیا، بعد از این که شیر با انواعی از خوراکی‌های اسیدی، مثل آب لیمو، سرکه یا ماست بسته می‌شد آن را آویزان می‌کردند تا در قالب لایه‌های از پنیرهندی خشک شوند. این پنیر نرم ملایم را می‌توان به انواع کاری وسس‌ها افزود، یا بعنوان یک غذای فوری گیاهی سرخ کرد. یونانی‌ها خشت‌هایی از پنیر فتای حاوی آب نمک را تولید می‌کردند، همراه با نوع سفت‌تری که شبیه پیکورینو رومانو امروزی است. این پنیر رنده‌ای در سیسیل تولید می‌شد و در خوراکی‌های کل منطقه مدیترانه استفاده می‌شد.
طبق قوانین روم، پنیر خشک یا کاسئوس آریدوس، سهمیه ضروری نزدیک ۵۰۰٫۰۰۰ سرباز حافظ مرز‌های پهناور امپراطوری روم گشت. و زمانی که امپراطوری روم غربی فروپاشید، پنیرسازی به تکامل خود در تیو‌ل‌هایی ادامه داد که در حومه اروپای قرون وسطایی قرار داشتند. در صدها صومعه بندیکتی که در سراسر اروپا پراکنده بودند، راهب‌های قرون وسطایی به تجربه‌آزمایی با انواع مختلف شیر دست زدند. شیوه‌های پنیرسازی، و شیوه‌های کهنه‌سازی که منتهی به پنیر‌های محبوب امروزی شد. پارمزان، روک‌فورت، مونستر و چندین نوع سوئیسی که همگی به لطف این روحانیون پنیرساز بهتر و کامل شدند. در آلپ، پنیرسازی سوئیسی مخصوصاً موفق بود — با تولید پنیر‌های متنوعی از شیر گاو.
در آخر قرن ۱۴ام، پنیر آلپاین از منطقه گرویر سوئیس چنان سودآور شد که دولت همسایه به ارتفاعات گرویر حمله کرد تا تجارت رو به رشد پنیر را تصاحب کند. پنیر در طول رنسانس محبوب ماند، و انقلاب صنعتی تولید آن را از دیرها خارج کرد و ماشینی کرد. امروزه، جهان سالیانه حدود ۲۲ میلیارد کیلوگرم پنیر تولید می‌کند، که به سراسر جهان حمل و مصرف می‌شود. اما ۱۰٫۰۰۰ سال بعد از اختراع آن، مزرعه‌داران بومی هنوز دنباله‌رو نیاکان دوران نوسنگی‌شان هستند، و با دست خود یکی از قدیمی‌ترین و محبوب‌ترین خوراکی‌ها را می‌سازند.
